秘书处下设四个职能部门，并配备必要的专职人员，各部门的职能如下：
综合部基本职责:
1、 研究行业发展方向，参与行业发展的调研工作；
2、负责协会年度工作总结和工作计划、领导综合性讲话及有关文件、方案和协会重要报告的文字起草工作；
3、拟订并组织实施协会各项工作制度；
4、承办协会会员代表大会、常务理事会、理事会、秘书长办公会等有关会议的组织安排、会议文件工作；
5、协调行业内、外部关系，协调协会各部门工作运转，联络和协调与相关单位的工作关系；
6、负责购置和发放协会办公用品．负责购建和管理协会的固定资产；
7、负责协会职工福利、生活服务等其他后勤服务工作；
8、负责协会文件资料的收发、运转、归档和协会的印章管理；
9、负责协会的人事、保密、安全及卫生的监督管理；
10、负责协会财务会计工作；
11、组织实施事务所财务、会计制度，并监督、检查执行情况，负责事务所年度财务决算报表汇编工作；
12、负责行业网络建设与管理，拟订并组织实施信息管理制度和办法；
13、组织协调协会专业软件和网络软件的安装和技术管理，负责协会秘书处计算机硬件设备的管理及耗材的配置和更换；
14、组织行业计算机知识及网络技术的培训与交流；
15、负责协会刊物《海南省注册会计师协会通讯》的编辑和发行工作；
16、办理领导交办的其他工作。
注册部基本职责:
1、负责执业会员的注册审批及注册管理工作，办理执业会员的注册、转所、转会等事项；
2、审批、管理非执业会员。办理非执业会员的入会、转会以及执业会员转为非执业会员的审批事项；
3、管理执业机构和执业会员在注册管理方面的备案资料，管理非执业会员的基础资料；
4、负责与海口市人才交流中心联系，管理注册会计师和资产评估师人事档案专柜；
5、组织实施执业会员和非执业会员的年度检查；
6、与财政厅有关处室协调交流涉及执业机构设立、变更，以及执业会员变动、处罚等工作中的有关事宜；
7、指导、推动和督促会计师事务所和评估师事务所建立健全内部治理机制，维护执业机构和执业会员的合法权益；
8、办理领导交办的其他工作。
考培部基本职责:
1、拟订行业培训制度和规划，并组织实施；
2、指导会计师事务所和评估师事务所制定内部培训计划，并监督、检查执行情况；
3、建立和完善行业后续教育管理体系，组织行业后续教育培训教材的征订、发行；
4、负责会员的培训和后续教育，承办中注协组织的全国及区域性培训任务；
5、建立会员后续教育培训情况档案库；
6、负责后续教育培训和注册会计师考试考前培训师资库的建设；
7、组织实施全国注册会计师和注册资产评估师考试我省考区的各项考务工作；
8、办理成绩核查申请和单科换全科合格证书相关事宜；
9、负责办理注册会计师考前辅导有关事宜；
10、办理领导交办的其他工作。
监管部基本职责:
1、贯彻注册会计师独立审计准则，井监督和指导实施工作；
2、贯彻和补充制定注册会计师和事务所的年检办法，组织全省注册会计师和事务所的年检工作，负责办理执行证券业务许可证的年检工作；
3、贯彻和补充制定事务所业务检查办法，组织开展全省事务所业务检查工作，监督检查注册会计师和事务所执业质量和职业道德情况，负责检查从事证券相关业务事务所的业务执行情况；
4、拟订注册会计师和事务所在职业道德、执业质量方面的投诉举报管理办法及处罚办法，负责对事务所和注册会计师的处罚工作和年检未通过的注册会计师、事务所停业、取消资格的处理工作；负责重大案件的调查，提出处理意见；
5、负责受理涉及事务所执业质量和职业道德等方面的投诉和举报，向领导和有关方面提出处理意见和建议，办理有关工作；
6、负责事务所等级评定和等级管理工作；
7、办理检查委员会和惩戒委员会工作；
8、办理协会领导交办的其他工作。
